Το ΙΤΕ είναι πολυθεματικό ερευνητικό κέντρο που εποπτεύεται από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Καινοτομίας (ΓΓΕΚ) του Υπουργείου Ανάπτυξης. Είναι ένα από τα μεγαλύτερα ερευνητικά κέντρα στην Ελλάδα, με διεθνώς αναγνωρισμένες εγκαταστάσεις και υψηλά καταρτισμένο προσωπικό, και κατατάσσεται σταθερά ως το κορυφαίο ερευνητικό κέντρο της Ελλάδας σε συγκριτικές αξιολογήσεις διεθνών επιτροπών. Η έδρα και η κεντρική διοίκησή του βρίσκονται στο Ηράκλειο Κρήτης, με ινστιτούτα και μονάδες σε πολλές ελληνικές πόλεις, όπως Ηράκλειο, Ρέθυμνο, Πάτρα, Ιωάννινα, Χανιά και Αθήνα. Σήμερα, το ΙΤΕ περιλαμβάνει 10 Ερευνητικά Ινστιτούτα και 3 Ειδικές Μονάδες σε 8 πόλεις της Ελλάδας.